برخی بر این فرمایش شیخ اعتراض کرده‌اند که شیخ عجب فرمایشی گفته! شب قدر شب انابه و توبه است؛ شب استغفار است؛ شب دعاست و غیره.
از آنجا که این سخن در سطح وسیعی منتشر شده، و پیش‌تر نیز برای برخی سؤال پیش آمده بود، نکاتی را در توضیح فرمایش متین شیخ صدوق - اعلی الله مقامه الشریف - عرض می‌کنم؛ امید که خود ایشان به توضیحات بنده راضی باشند.
اولاً: مراد از «علم» و «مذاکره علمی» را باید براساس قاموس ذهنی گوینده آن معنا کرد؛ از این رو مراد از «علم» شیمی و فیزیک و مکانیک و امثالها نیست، بلکه مراد «نور یقذفه الله فی قلب من یشاء» و برترین آن‌ها معانی قرآن کریم است که در سخنان اهل بیت ع انعکاس یافته (کلامکم نور و امرکم رشد)؛ از این رو مذاکره علم یعنی مذاکره در معارف قرآنی و حدیثی؛ یعنی مذاکره در آنچه بر انسانیت انسان می‌افزاید و او را به خدا نزدیک می‌کند؛ یعنی مذاکره چیزی که نیتجه آن تقرب الهی و انابه به درگاه او و افزایش معرفت است.
ثانیاً: به قرینه حالیه می‌توان فهمید از میان علوم مختلف مورد اشاره (با توجه به تنوع علوم و معارف قرآن) اولویت با علمی است که تناسب بیشتری با چنین شبی دارد و این به دلیل شدت وضوح نیاز به تذکر ندارد. بنابراین، از میان انبوه معارف و معالم قرآنی، بر نکاتی مذاکره می‌شود که بیشترین تناسب را با چنین شب‌هایی دارد؛ مانند مباحث مربوط به ، خداشناسی، نبوت و امامت، معاد، حسابرسی اعمال، گونه‌ها و راه‌های جبران عمل، پیامدها و آثار اعمال، اخلاقیات و ده‌ها و صدها موضوع مهم دیگر. این‌ها از اعظم علوم‌اند و بعید است صاحب دانشی در چنین مطلب آشکاری چون و چرا کند!
ثالثاً: باید توجه داشت که مخاطبان مرحوم صدوق چه کسانی بوده‌اند. این مطلب در «امالی» ایشان آمده و امالی یعنی: أمالی مطالبی که استاد در مجلس‌ها یا زمان‌های خاص از حفظ یا از کتاب خود برای شاگردان می‌خواند و آن‌ها همه مطالب را می‌نویسند؛ لذا به آن «المجالس» و «عرض المجالس» نیز می‌گویند. در منابع اسلامی بیش از سی امالی برای اساتید مسلم علوم اسلامی ثبت شده است.
حال سؤال این است: شاگردانی که در محضر چنین اساتید برجسته‌ای حاضر می‌شوند، خود دائم الانابة و التوبة‌اند و چنین افرادی خود قرائن کلام استاد را خوب درک می‌کنند و مذاکره را برمحور معارفی می‌بندند که نتیجه آن برترین انابه‌ها و توبه‌ها و سبک‌زندگی‌هاست!
رابعاً: از مصادیق بزرگ مذاکره علم، تأمل و تفکر و مباحثه در معارف آیات قرآن به ویژه شماری از آن‌ها؛ نیز: دعاهای فوق العاده «ابوحمزه ثمالی»، «افتتاح»، ادعیه صحیفه سجادیه، دعای «کمیل» و مانند این‌هاست.
خامساً: هم اکنون برنامه‌های رایج در شب‌های قدر با وضعیت مطلوب فاصله زیادی دارد؛ البته به جز تقریباً نیم ساعتی که اگر شخصی روحانی منبر رفته و تذکراتی معرفتی ارائه کند! مردم معمولا دعای جوشن کبیر و بعضاً افتتاح را بدون تأمل در معانی آن‌ها می‌خوانند و طبیعی است بهره آن‌ها بیش از آن نخواهد بود.
سادساً: یکی از بزرگ‌ترین ثواب‌ها در چنین شب‌هایی بیان فضائل و تشریح جایگاه اهل بیت ع و مظلومیت آنان و مباحث مربوط به انتظار فرج است که آن نیز از اعظم علوم است. ثواب مرثیه و گریه بر مصاحب آن بزرگواران به ویژه حضرت مولی الموحدین امیر المؤمنین ع نیز نیازی به بیان ندارد؛ زیرا این توسلات اسباب توفیقات بیشتر و هدایت خواهد بود.